Несмотря на современные методы лечения, иногда приходится прибегать к радикальным мерам для предотвращения осложнений. Киста зуба может потребовать удаления вместе с самим зубом, особенно если она достигла значительных размеров (более 2 см), зуб сильно подвижен, значительно поврежден кариесом или речь идет о зубе мудрости. Операция проводится максимально бережно, чтобы сохранить окружающие здоровые ткани, избежать повреждения оболочки кисты и распространения инфекции. Кисту осторожно отсоединяют от связок, десны и костной ткани, после чего полностью удаляют. Врач тщательно контролирует процесс, убеждаясь, что все пораженные участки устранены, стенки зубной лунки не повреждены, а затем обрабатывает рану антисептическими средствами. После этого лунка заполняется костным заменителем, и накладываются швы. В случае наличия гноя, его отводят, оставляя лунку открытой до полного заживления.